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Omicron es un ensayo general para la próxima pandemia

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Cuando los científicos descubrieron la variante omicron altamente mutada del coronavirus el mes pasado, desencadenó una cadena de eventos inquietantemente familiar.

Los expertos en salud celebraron sombrías conferencias de prensa que plantearon más preguntas que respuestas. Los funcionarios impusieron prohibiciones de viaje que muy probablemente llegaron demasiado tarde. Los rastreadores de virus completaron sus mapas a medida que la variante se informaba en un país tras otro. Y el resto de nosotros esperó, con creciente inquietud, para saber más sobre la amenaza a la que nos enfrentábamos.

La misma secuencia se desarrolló hace casi dos años cuando se descubrió por primera vez el nuevo coronavirus, SARS-CoV-2. En esas primeras semanas de 2020, Estados Unidos demostró lamentablemente no estar preparado para los desafíos que se avecinan, comenzando con la tarea más fundamental: detectar el virus.

“Tuvimos una demora de uno a dos meses antes de que pudiéramos identificar la presencia del virus”, dijo el Dr. Charles Chiu, especialista en enfermedades infecciosas y microbiólogo de la Universidad de California en San Francisco. «Y en ese momento, ya había circulado ampliamente entre varios estados y de costa a costa».

Estos fracasos han sido bien documentados y el omicron es una señal más de que la pandemia actual, que ahora se ha cobrado la vida de casi 800.000 estadounidenses, no ha terminado.

Pero omicron también es un ensayo general para la próxima pandemia. El trabajo que tenemos ante nosotros ahora, detectar, rastrear y ralentizar la propagación de una amenaza para la salud que no entendemos por completo, es el mismo trabajo que se requerirá para detener un brote futuro en seco.

La analogía no es perfecta. Cuando llegó omicron, los científicos ya habían desarrollado vacunas y tratamientos para el virus y estaban en alerta máxima por nuevas variantes. La próxima pandemia puede llegar con menos advertencia.

“Sabemos que hay patógenos peores que el SARS-CoV-2 que están emergiendo y resurgiendo y esperando su momento para despegar”, dijo Rick Bright, director ejecutivo del Instituto de Prevención de Pandemias de la Fundación Rockefeller.

El surgimiento de Omicron es una oportunidad para hacer un balance tanto de los logros que hemos logrado como de las formas en las que todavía nos estamos quedando cortos. También es un llamado a la acción: cualquier progreso que hayamos logrado no es suficiente.

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En cualquier otro contexto, no habría sido notable: el 28 de noviembre, un residente de San Francisco que se había sentido levemente enfermo tomó una prueba de COVID. Al día siguiente, salió positivo.

Sin embargo, lo que hizo sonar las alarmas fue que el residente había regresado recientemente de Sudáfrica, donde la variante omicron recién descubierta estaba muy extendida.

La muestra de prueba del viajero se marcó para la secuenciación genómica prioritaria, que revelaría el código genético preciso del virus que había infectado al viajero y si tenía las mutaciones reveladoras de omicron.

Chiu, el microbiólogo de UCSF, fue elegido para realizar la secuenciación. A las 6 pm del 30 de noviembre, solo unas horas después de que Chiu se enteró por primera vez de la muestra, se la entregó en mano a su laboratorio, empaquetada en hielo seco.

Chiu y sus colegas se pusieron a trabajar rápidamente. Aunque generar la secuencia completa lleva horas, los científicos optaron por utilizar una técnica conocida como secuenciación de nanoporos, que les permitió analizar los resultados en tiempo real, mientras el proceso aún estaba en curso.

«A medida que se acumularon los datos, pudimos identificar más y más mutaciones», recordó Chiu.

Antes del amanecer, estaba seguro: era omicron, el primer caso encontrado en Estados Unidos. Había pasado menos de una semana desde que Sudáfrica anunció públicamente por primera vez la existencia de la variante.

No podemos luchar contra lo que no podemos ver, y la prevención de la próxima pandemia comienza con la detección y seguimiento de los patógenos que nos amenazan. En ese sentido, al menos, «estamos extraordinariamente mejor que en esta época el año pasado», dijo Joseph Fauver, epidemiólogo genómico del Centro Médico de la Universidad de Nebraska en Omaha.

Pruebas, pruebas, pruebas

El primer eslabón de la cadena de vigilancia de enfermedades son las pruebas. ¿Quién está infectado y dónde están? Sin pruebas precisas y oportunas, puede resultar imposible frenar la propagación de un patógeno.

Desafortunadamente, Estados Unidos falló en las pruebas desde el principio. Los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades distribuyeron kits de prueba defectuosos, mientras que la escasez de suministro y los retrasos regulatorios crearon un desajuste épico entre la oferta y la demanda. En el verano y otoño de 2020, las esperas en los sitios de prueba podrían extenderse durante horas; la espera de los resultados puede llevar una semana o más. No hubo un plan de pruebas nacional coordinado.

Estos pasos en falso permitieron que el virus se propagara, sin ser visto y sin control, aumentando la carga para los hospitales y dificultando otras medidas de mitigación. Sin pruebas accesibles, la estrategia que ayudó a otros países a romper la cadena de transmisión (identificar rápidamente a las personas con el virus, aislarlas y rastrear sus contactos) tenía pocas posibilidades.

A medida que pasó el tiempo, la crisis de las pruebas disminuyó. Los laboratorios diversificaron sus cadenas de suministro, compraron nuevos equipos y contrataron a más personal, dijo Kelly Wroblewski, directora de enfermedades infecciosas de la Asociación de Laboratorios de Salud Pública.

Cada vez más pruebas obtuvieron la autorización de emergencia de la Administración de Alimentos y Medicamentos de EE. UU., Incluidas pruebas rápidas en el hogar que arrojaron resultados en el acto.

Pero Estados Unidos todavía está haciendo menos pruebas diarias per cápita, y tiene una mayor proporción de pruebas que arrojan resultados positivos que muchos otros países de altos ingresos, según el Centro de Recursos de Coronavirus de Johns Hopkins.

“No hemos hecho un gran trabajo al hacer que las pruebas estén disponibles”, dijo el Dr. Ezekiel J. Emanuel, bioético de la Universidad de Pensilvania que fue miembro de la Junta Asesora de COVID-19 del presidente Joe Biden durante la transición presidencial.

Los tiempos de procesamiento de PCR aún varían ampliamente, mientras que las pruebas rápidas pueden ser difíciles de encontrar en las tiendas y exceden el presupuesto de muchos estadounidenses, especialmente porque están diseñadas para usarse con frecuencia. (El nuevo plan de la administración Biden para que las aseguradoras de salud reembolsen a los miembros por las pruebas en el hogar puede ayudar, pero tiene sus limitaciones).

Muchos de estos problemas pueden atribuirse a la falta de inversión de la nación en las pruebas al inicio de la pandemia. La administración Trump creó la Operación Warp Speed ​​para impulsar el desarrollo de vacunas. El país necesitaba un esfuerzo similar para las pruebas de diagnóstico, dijeron los expertos. Las pruebas de diagnóstico pueden no ser tan tentadoras como las vacunas, pero en cualquier pandemia futura, dijeron, debería ser una prioridad desde el principio.

Supervisión

El siguiente eslabón vital en la cadena de vigilancia es la secuenciación genómica generalizada de rutina. Este tipo de vigilancia ayuda a los expertos a controlar cómo muta un patógeno y cómo se propagan las nuevas variantes.

En los Estados Unidos, este esfuerzo tuvo un comienzo muy lento. «Muchos de los laboratorios de salud pública estaban, francamente, abrumados por el volumen de pruebas iniciales y las obligaciones en competencia», dijo Duncan MacCannell, director científico de la oficina de detección molecular avanzada de los CDC.

Pero a fines de 2020 y principios de 2021, la aparición de la variante alfa altamente contagiosa y la afluencia de fondos federales finalmente impulsaron la vigilancia genómica a una velocidad más alta. Desde enero, el país ha pasado de secuenciar menos de 3.000 muestras semanales a entre 50.000 y 60.000, en promedio, según los CDC.

Y cuando se supo la noticia de omicron, el 25 de noviembre, algunos laboratorios redoblaron sus esfuerzos, agregando horas de fin de semana y turnos nocturnos para buscar la variante. Aunque el laboratorio de Chiu fue el primero en detectarlo, los investigadores de otros estados (Minnesota, Colorado, Nueva York y Hawai) pronto siguieron su ejemplo.

«Omicron realmente ha demostrado que hemos expandido nuestra capacidad de manera significativa para poder identificar estas variantes a medida que surgen», dijo Chiu.

Algunos equipos de investigación comenzaron a buscar la variante en las aguas residuales. Debido a que el virus se elimina en las heces, el análisis de las aguas residuales puede proporcionar una instantánea de si el virus, o una variante en particular, está presente en una comunidad y cuán prevalente es.

Omicron fue una prueba del enfoque. A principios de diciembre, los investigadores encontraron la variante en ocho plantas de tratamiento de aguas residuales en Houston, días antes de que la ciudad informara sus primeros casos.

“Este es el tipo de cosas que realmente nos permiten enfrentarnos al SARS-CoV-2”, dijo Samuel Scarpino, director gerente de vigilancia de patógenos en el Instituto de Prevención de Pandemias.

Margen de mejora

Y, sin embargo, si omicron es una prueba de nuestra preparación para lo inesperado, algunos expertos no están convencidos de que hayamos pasado. Estados Unidos estuvo días atrás de muchos otros países en la detección de la variante.

“Esa no es una buena señal”, dijo el Dr. Eric Topol, fundador y director del Instituto Traslacional de Investigación Scripps en San Diego.

A pesar de las mejoras recientes, el país ha secuenciado una menor proporción de casos desde el comienzo de la pandemia que muchas otras naciones, según GISAID, una base de datos internacional de genomas virales.

Y el país necesita hacer un mejor trabajo para identificar a las personas que tienen más probabilidades de albergar nuevas variantes, dijeron los científicos. En lugar de restringir a los viajeros del extranjero, los funcionarios podrían hacer un esfuerzo más concertado para analizarlos en busca del virus y secuenciar las muestras positivas.

Las personas con infecciones progresivas y aquellas con sistemas inmunológicos comprometidos, que pueden tener más problemas para combatir el virus, lo que le da más posibilidades de mutar, también deberían ser prioridades para la secuenciación, dijeron los expertos.

“No solo tenemos que secuenciar, sino que debemos asegurarnos de que estamos secuenciando en las comunidades correctas y las personas adecuadas”, dijo Janet Robishaw, decana asociada senior de investigación de la Facultad de Medicina de Florida Atlantic University en Boca Raton.

Y mientras que los países con sistemas de atención médica centralizados o nacionalizados, como Gran Bretaña, pueden vincular las secuencias virales con los datos clínicos de los pacientes con relativa facilidad, en Estados Unidos eso es mucho más difícil. ¿La muestra provino de alguien que estaba en la UCI o simplemente en casa con un resfriado? ¿Fueron vacunados y, en caso afirmativo, con qué vacuna y cuándo?

Para la próxima vez

Algunos de los avances que ha logrado el país podrían dejarnos en una mejor posición para la próxima pandemia. Por ejemplo, los laboratorios de salud pública tienen nuevos equipos y experiencia, que ahora pueden usar para rastrear la gripe, las enfermedades transmitidas por los alimentos y cualquiera que sea la próxima gran amenaza para la salud mundial.

Pero solidificar estos logros requerirá un compromiso y una financiación continuos una vez que haya pasado la crisis inmediata. “El patrón histórico es que aumentamos y luego olvidamos y descuidamos”, dijo Bright.

Estados Unidos es un país grande y fracturado, políticamente polarizado y agobiado por flagrantes desigualdades, desinformación y desinformación desenfrenadas, y una desconfianza considerable en los funcionarios públicos. Estos son problemas enormes y espinosos y son mucho más difíciles de abordar que asegurarse de que los laboratorios tengan la capacidad de detectar omicron o cualquier patógeno nuevo.

«Confío en nuestra capacidad para detectar la variante», dijo Fauver. “En lo que no confío es en nuestra capacidad para hacer algo al respecto. Detectamos la variante delta todos los días, cada vez que secuenciamos «.

Incluso antes de que se conociera la noticia de omicron, ya había comenzado otra oleada impulsada por delta. Los científicos están encontrando más casos de omicron todos los días, y la variante pronto podría superar a la delta. Lo que viene a continuación, incluso a qué deberíamos aspirar, es menos claro. ¿Deberíamos pasar el invierno tratando de detener todas las infecciones? ¿Proteger a las personas de mayor riesgo de enfermedades graves y muerte? ¿Asegurarse de que los hospitales no sean invadidos?

“Una cosa que nos ha faltado continuamente durante la pandemia es una meta”, dijo Emily Gurley, epidemióloga de la Escuela de Salud Pública Johns Hopkins Bloomberg. “Todavía no tenemos eso. Ciertamente, no tenemos eso para omicron «.

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